Po utraceniu przez Polskę niepodległości zakończyła się pierwotna funkcja Katedry jako kościoła koronacyjnego i miejsca pochówku polskich królów. Gdy zabrakło monarchów kościół wawelski zyskał znaczenie sanktuarium narodowego. Od pogrzebów księcia Józefa Poniatowskiego (1817r.) i Tadeusza Kościuszki (1818r.) Katedra na Wawelu zaczęła funkcjonować jako polski panteon – stała się wielkim historycznym cmentarzem, gdzie obok grobów monarszych chowano polskich bohaterów i wieszczów narodowych. Zwiedzając Katedrę uczono się polskości emanującej z każdego detalu świątyni. Na Katedrze koncentrowały się myśli i uczucia Polaków, którzy w okresie zaborów uparcie dążyli do uzyskania niepodległości narodowej. Wówczas Katedra stała się symbolem wielkości historycznej Polaków.
Ciągłość historyczną Państwa Polskiego podtrzymywały uroczyste ceremonie państwowe celebrowane w kościele wawelskim takie jak 200.rocznica Odsieczy Wiedeńskiej obchodzona w 1883 roku czy 500.lecie bitwy pod Grunwaldem w 1910 roku. W czasach narodowej niewoli narodziło się „romantyczne” rozumienie grobu królewskiego nie tylko jako miejsca jego pochówku, lecz także symbolu inspirującego Naród Polski do walki o niepodległość. W drugiej połowie XIX wieku urządzono i udostępniono do zwiedzania groby królewskie, które wcześniej były zamknięte dla zwiedzających.
Odwiedzenie grobów królów i bohaterów narodowych w okresie niewoli było obowiązkowym punktem programu każdego polskiego pielgrzyma. Dla pokoleń żyjących pod zaborami Katedra Wawelska była streszczeniem dziejów Narodu, symbolem jego dawnej wielkości i chwały. Katedra Wawelska była zawsze swoistą syntezą historii Polski, której rola została w pełni pojęta dopiero po upadku Rzeczypospolitej. Najtrafniej funkcję Katedry Wawelskiej jako narodowego sacrum oddają słowa Stanisława Wyspiańskiego zawarte w dramacie „Wyzwolenie”(1902 r.): Tu wszystko jest Polską, kamień każdy i okruch każdy, a człowiek, który tu wstąpi, staje się Polski częścią… Otacza was Polska, wieczyście nieśmiertelna.
Polskich bohaterów narodowych: księcia Józefa Poniatowskiego, Tadeusza Kościuszkę oraz generała Władysława Sikorskiego pochowano obok grobów monarszych w romańskiej Krypcie św. Leonarda, która jest najstarszą częścią Katedry Wawelskiej. W 1936 roku w krypcie ulokowanej w najniższej kondygnacji wieży Srebrnych Dzwonów urządzono mauzoleum I Marszałka Odrodzonej Rzeczpospolitej, Naczelnika Państwa Polskiego – Józefa Piłsudskiego zmarłego w 1935 roku. W niszy znajdującej się przed jego kryptą umieszczono urnę z ziemią, którą przywieziono z miejsca kaźni dokonanej przez NKWD w 1940 roku na polskich oficerach w Katyniu.
W 1890 roku z okazji sprowadzenia z Paryża zwłok zmarłego w 1855 roku Adama Mickiewicza – polskiego poety, działacza i publicysty politycznego, uważanego za jednego z najwybitniejszych poetów literatury polskiej, urządzono w Katedrze na Wawelu Kryptę Wieszczów Narodowych. W 1927 roku obok Mickiewicza pochowano przywiezione z Paryża szczątki zmarłego w 1849 roku Juliusza Słowackiego – poety, dramatopisarza i filozofa, którego twórczość wywarła ogromny wpływ na rozwój literatury polskiej.
W niszy znajdującej się za jego sarkofagiem umieszczono urnę zawierającą ziemię z grobu pochowanej w Krzemieńcu matki Słowackiego – Salomei Bécu. W 1993 roku obok wejścia do Krypty ustawiono pomnik zmarłego w Paryżu w 1883 roku Cypriana Kamila Norwida – polskiego poety, dramatopisarza, prozaika oraz artysty plastyka a w 2001 roku umieszczono w niej urnę z ziemią z jego paryskiej mogiły. Pochowanie w kryptach Katedry na Wawelu najwybitniejszych polskich poetów epoki Romantyzmu, podtrzymujących ducha narodu pozbawionego przez zaborców własnego państwa, było aktem o wielkim znaczeniu, wynoszącym Katedrę krakowską do godności panteonu narodowego, w którym obok królów i bohaterów narodowych spoczywają najwięksi przywódcy duchowi.