Pochodzenie i data urodzin Stanisława nie są znane. Według tradycji uznaje się, że urodził się 26 lipca 1030 w Szczepanowie. Nauki pobierał w krajowych szkołach katedralnych, ale prawdopodobnie przez jakiś czas przebywał także za granicą. Dosyć wcześnie otrzymał godność kanonika krakowskiego. Ówczesny biskup krakowski Lambert wyznaczył go na swego następcę. W 1072 roku za zgodą księcia Bolesława Szczodrego został konsekrowany na biskupa krakowskiego. Jako pasterz był bardzo gorliwy i dbał o stan diecezji krakowskiej.
Z braku źródeł nie znane są przyczyny, które naraziły go na konflikt z królem Bolesławem Szczodrym. Wedle późniejszych tradycji biskup wstawiał się za wiernymi uciskanymi i zbytnio karanymi przez króla, wyrzucał mu także niemoralne życie. W każdym razie opinia musiała być wówczas w ocenie wydarzeń podzielona i o postawie gorliwego biskupa nie wydała jednolitego sądu. Tłem tego podziału być może były spory, które wobec reformatorskiej działalności papieża Grzegorza VII podzieliły wówczas Europę. Autorytet Stanisława musiał być w Polsce ogromny, skoro według podania nawet najbliżsi stronnicy króla Bolesława nie śmieli targnąć się na jego życie. Król miał to uczynić sam. 11 kwietnia 1079 roku Bolesław udał się na Skałkę i w czasie Mszy świętej zarąbał biskupa uderzeniem w głowę. Potem kazał poćwiartować jego ciało. Ówczesnym zwyczajem bowiem ciało skazańca niszczono. Duchowni ze czcią pochowali je w kościele św. Michała na Skałce. Fakt ten jest dowodem czci, jakiej wtedy męczennik zażywał. Na skutek tych wydarzeń król musiał uchodzić z kraju, natomiast pamięć o życiu i działalności biskupa przetrwała wieki.
W rozbitym na dzielnice Państwie Polskim narodziło się przekonanie, że rozbicie państwa jest karą za zamordowanie biskupa. Wierzono, że Polska rozpadła się tak, jak członki ćwiartowanego biskupa. Oczekiwano jednak cudu za wstawiennictwem Stanisława, jako patrona zjednoczenia.
Na przełomie XI i XII wieku dokonano przeniesienia ciała biskupa Stanisława do Katedry na Wawelu. W wieku następnym rozpoczęły się intensywne starania o jego kanonizację. W tych czasach Kuria Rzymska była już bardzo wymagająca i zażądała dodatkowych badań, które przedłużyły całą procedurę. Wreszcie 17 września 1253 roku papież Innocenty IV uroczyście kanonizował Stanisława w bazylice św. Franciszka w Asyżu.
Pamięć o św. Stanisławie odegrała ogromną rolę w kształtowaniu polskiej świadomości narodowej. Podtrzymywały ją liczne żywoty świętego. Wśród nich osobne i szczególne miejsce zajął literacki utwór Długosza, który na długo utrwalił biografię biskupa Stanisława. Obok utworów o charakterze hagiograficznym św. Stanisławowi poświęcono liczne utwory poetyckie i liturgiczne m. in. sławny hymn Gaude Mater Polonia.
Przy grobie świętego Stanisława w Katedrze Wawelskiej modlono się o pomyślność dla Ojczyzny a polscy królowie i wodzowie zawieszali przy jego ołtarzu zdobyczne chorągwie. Są wśród nich chorągwie krzyżackie zdobyte pod Grunwaldem w 1410 roku oraz chorągiew turecka zdobyta pod Wiedniem w 1683 roku. Liczne stały się też kościoły dedykowane św. Stanisławowi, a w związku z nimi także wyobrażenia ikonograficzne jego postaci, życia i cudów. Pewnemu zmąceniu uległ ten narodowy kult dopiero w XIX wieku, kiedy to pod wpływem krytyki historycznej analitycznemu rozczłonkowaniu poddane zostały ubogie teksty źródłowe i uczeni rozwinęli hipotezę o biskupie-zdrajcy. Rozgorzały w związku z tym niekończące się polemiki. Jednak szczegółowe badania relikwii św. Stanisława przeprowadzone w 1963 roku potwierdziły, że zawierają one czaszkę mężczyzny naznaczoną uderzeniem od tępego narzędzia, co było przypuszczalną przyczyną zgonu.
Od czasów bulli kanonizacyjnej Święto św. Stanisława obchodzone jest w dniu 8 maja. Mimo, iż od roku 1594 kalendarz rzymski wspominał Stanisława w dniu 7 maja, diecezje polskie pozostały przy terminie pierwotnym.