Zanim Kraków stał się stolicą Polski i siedzibą królów, od blisko 100 lat był już stolicą biskupią. Ta chronologia znalazła odzwierciedlenie w patronacie Katedry Wawelskiej, której pierwszym patronem jest św. Wacław, czeski władca, zamordowany w roku 935. Wskazuje to na fakt, iż instytucje kościelne zaistniały w Krakowie wcześniej niż państwowe a tożsamość Narodu Polskiego kształtowała się na fundamencie uniwersalnych dla średniowiecznego świata wartości chrześcijańskich.
Katedra na Wawelu to najważniejszy kościół diecezji krakowskiej, którego gospodarzem jest biskup – obecnie jest nim kardynał Stanisław Dziwisz. Tu z reguły, choć nie wyłącznie, sprawowany jest obrzęd sakramentu kapłaństwa, na każdym z trzech stopni: diakonatu, prezbiteriatu i biskupstwa. Tutaj biskup krakowski uroczyście celebruje nabożeństwa w największe święta kościelne u państwowe. O stałej obecności biskupa w Katedrze przypomina tron biskupów krakowskich znajdujący się po prawej stronie ołtarza głównego.
W ciągu stuleci biskupi krakowscy, po arcybiskupach gnieźnieńskich, odgrywali w duchowym i politycznym życiu Polski najważniejszą rolę. Władali jedną z najbogatszych i najrozleglejszych diecezji w Koronie, byli także kanclerzami Akademii Krakowskiej od czasu jej powstania.
Obok działalności religijnej i społecznej ordynariuszy diecezji pełnili funkcje senatorów i ministrów. Wpływali na bieg wydarzeń politycznych, gospodarczych i kulturalnych kraju. O ciągłości diecezji krakowskiej w Katedrze na Wawelu przypominają nagrobki biskupów.

W centralnym miejscu Katedry znajduje się konfesja najważniejszego z biskupów krakowskich – św. Stanisława – biskupa i męczennika, który jest patronem Katedry Wawelskiej i Państwa Polskiego. Po kanonizacji biskupa Stanisława dokonanej w Asyżu w 1253 roku jego relikwie spoczęły na środku romańskiej katedry w drewnianej, obitej srebrnymi blachami trumnie ufundowanej przez bł. księżną Kingę. Obecna konfesja w kształcie kopułowego baldachimu z czarnego i różowego marmuru oraz złoconego brązu i drewna powstała w latach 1626-1629 z fundacji biskupa Marcina Szyszkowskiego. Pod baldachimem znajduje się srebrny relikwiarz w kształcie trumny wykonany w Gdańsku w latach 1669-1671.

Pierwsze groby biskupie zostały zniszczone w czasie budowy gotyckiej Katedry w XIV wieku. Najstarszym zachowanym jest miejsce pochówku biskupa Maura zmarłego w 1118 roku. Obecnie przedmioty z jego grobu można oglądać w Muzeum Katedralnym na Wawelu.

Na środku prezbiterium Katedry Wawelskiej pochowano jednego z najważniejszych polityków z okresu panowania Władysława Jagiełły i Władysława Warneńczyka – kardynała Zbigniewa Oleśnickiego zmarłego w 1455 roku. O jego postaci przypomina pomnik znajdujący się w północnym ramieniu ambitu, wykonany około 1900 roku w wiedeńskiej pracowni Kaspra Klemensa Zumbuscha.

W prezbiterium Katedry Wawelskiej został pochowany także kardynał Ferdynand Jagiellończyk, syn króla Kazimierza Jagiellończyka, który osiągnął najwyższe godności kościelne w Polsce – arcybiskupstwo gnieźnieńskie i biskupstwo krakowskie. Jego nagrobek, którego fundatorem był w 1510 roku brat zmarłego – Zygmunt I Stary, należy do najwspanialszych dzieł słynnej ludwisarni Petera Fischera w Norymberdze. Gotycko-renesansowa płyta z brązu upamiętniająca miejsce pochówku kardynała znajduje się między schodami prowadzącymi do ołtarza głównego.

Ważne miejsce w Katedrze zajmują renesansowe pomniki biskupów, wśród których znajduje się nagrobek biskupa Jana Konarskiego wykonany w warsztacie włoskiego architekta i rzeźbiarza Bartolomea Berecciego. Znajduje się on w kaplicy pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny, która w latach 1520-1521 została przekształcona na mauzoleum biskupa Jana Konarskiego.

Kolejną realizacją Bartolomea Berecciego jest kaplica grobowa biskupa Piotra Tomickiego, należącego do elity politycznej i intelektualnej Polski okresu renesansu. Powstała w ten sposób pierwsza, obok kaplicy Zygmuntowskiej, kaplica kopułowa w Polsce. Z jej dawnego, znakomitego wyposażenia pozostał jedynie wspaniały nagrobek fundatora oraz fragmenty ołtarza: obraz przedstawiający Pokłon Trzech Króli oraz płaskorzeźba Boga Ojca z Gołębicą Ducha Świętego.

Piotr Gamrat, arcybiskup gnieźnieński i biskup krakowski, został uczczony nagrobkiem wykonanym przez Jana Marię Padovana w kaplicy po wezwaniem św. Katarzyny, która w latach 1545-1547 została przekształcona z polecenia królowej Bony na jego mauzoleum.

Szczególnie oryginalnym, manierystycznym wystrojem wyróżniały się kaplice biskupów Andrzeja Zebrzydowskiego i Filipa Padniewskiego, obie zaprojektowane i wykonane przez Jana Michałowicza z Urzędowa. Niestety, do dzisiaj przetrwały tylko ich pomniki nagrobne, bowiem kaplice przekształcono gruntownie w późniejszych czasach. Kaplica Padniewskiego została częściowo zrekonstruowana, dzięki czemu od zewnątrz można podziwiać kopułę o niezwykle interesującej dekoracji tamburu, złożonej z mijających się półkolumn i wolut, co daje wrażenie ruchu.

Dla XVII stulecia najbardziej charakterystyczne były wywodzące się z Rzymu nagrobki z popiersiami zmarłych. Wokoło grobu św. Stanisława, pod którym mieści się krypta z trumnami biskupów, ustawiono cztery barokowe pomniki biskupów krakowskich: Marcina Szyszkowskiego zm. 1630, Piotra Gembickiego zm. 1657, Jana Małachowskiego zm. 1699 i Kazimierza Łubieńskiego zm. 1719. Wybitnymi walorami artystycznymi odznacza się popiersie Gembickiego, wykonane przez według projektu rzymskiego rzeźbiarza Giovanniego Battisty Gisleniego. Podobnego typu nagrobek upamiętnia biskupa Jakuba Zadzika. Postawiono go we wspaniałej wczesnobarokowej kaplicy grobowej pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela.

W XVIII wieku pojawiły się pełne przepychu, gloryfikujące zmarłych i przypominające o sprawach ostatecznych, pomniki z medalionami portretowymi, symbolicznymi sarkofagami, obeliskami, postaciami alegorycznymi. W ten sposób uhonorowano kardynała Jana Aleksandra Lipskiego, którego nagrobek ma formę rozbudowanego katafalku z czarnego marmuru i alabastru. Znajduje się on we wspaniałej późnobarokowej kaplicy pod wezwaniem św. Macieja i Mateusza przebudowanej przez włoskiego architekta Francesca Placidiego.

Placidi przebudował również średniowieczną kaplicę pod wezwaniem św. Jana Ewangelisty na mauzoleum jednego z najświetniejszych polskich dostojników epoki saskiej – biskupa Andrzeja Stanisława Kostki Załuskiego, którego monumentalna stojąca postać wypełnia nisze nad portalem. W tej samej kaplicy znajduje się barokowy pomnik biskupa Jana Grota.

Sytuacja polityczna i brak środków finansowych w XIX stuleciu nie sprzyjały fundowaniu pomników biskupich, dlatego, nie licząc skromnych epitafiów i płyt nagrobnych, powstał tylko jeden – pomnik odnowiciela biskupstwa krakowskiego – kardynała Albina Dunajewskiego. Jednym z ostatnich biskupów, który spoczął w podziemiach Katedry na Wawelu był książę kardynał Adam Stefan Sapieha. Pamięć o nim podtrzymuje popiersie z brązu znajdujące się po lewej stronie ołtarza głównego.

W panteonie biskupów krakowskich szczególne miejsce zajmuje postać kardynała Karola Wojtyły, który osiągnął najwyższą godność w Kościele i stał się ojcem duchowym całego świata jako papież Jan Paweł II. Jego pomnik stanął w 2008 roku przed wejściem do Katedry na Wawelu.